郭札沟自然保护区位于青藏高原东北边缘,迭山山脉以北,甘南藏族自治州卓尼县的西南部。地势由西南向东北倾斜,海拔2800米-3630米,沟谷峡窄,平均坡度28度,由南向北蜿蜒伸展,南北长15千米,东西宽约3千米,面积2509平方米。